群体结构作图

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在拿到群体结构软件 （STRUCTURE，fastStructure，admixture）分析的 Q 数据之后下一步就是怎么把数据可视化做出堆叠图。

方法一：

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barplot(t(as.matrix(data)),col=rainbow(2),axes=FALSE,ylab="K=2",font=2,cex.lab=1.4) # col=rainbow(2)中的数字为计算时的K值

方法二：

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#首先在 Q 数据中增加一列样本编号
librar(ggplot2)
library(tidyr)
data2<-gather(data,key='new_one',value ='count',V2，V3，-V1) #使用gather将宽数据转换为长数据
ggplot(data = data2, mapping = aes(x =V1, y = V3, fill = V2)) + geom_bar(stat = 'identity', position = 'fill')

方法三：

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python2 distruct.py -K 2 --input=test/all.genotype --output=test/testoutput_simple_distruct.svg
# 使用 fastStructure 自带脚本作图
# 脚本使用python2编写

将 svg 结果放入 AI 中手动编辑图片，将多余的信息用橡皮擦擦除，点击直接选择工具选中图中某一个颜色后，点击选择-相同-填充颜色，AI 会自动选择图片中所有相同的颜色，点击右上角的颜色图谱（或直接输入 RGB 值）则可进行颜色的替换，填充颜色要和描边颜色一致，或者不要描边。这样你就可以自定义你图片的主题了。当然配色的话看个人需求了。