1 | emmax-kin tped_file -v -h -d 10 #计算K矩阵 |
1 | admixture --cv -j4 all.genotype.bed K_number | tee ./log_K_number.out #计算群体结构 |
1 | emmax -v -d 10 -t data_pruned -p pheno.txt -k all_genotype_recode12.hBN.kinf -c cov.emmax.txt -o emmax_result #gwas |
1 | #emmax进行 case/control gwas时,表型数据应该为2/1 |