群体遗传学统计量计算

发表于 | 更新于 | 分类于

Fst & dxy & pi(single)

1
2
3
python popgenWindows.py -w 100000 -m 50 -s 20000 -g input.geno.gz \
-o fpd.csv.gz -f phased -T 6 -p popA A1,A2,A3,A4 -p popB B1,B2,B3,B4
# -w :窗口大小 -m :窗口内最少snp数 -s :步长 -T :进程数 -p :群体名和群体样本名

ABBA_BABA

1
python ABBABABAwindows.py -g input.geno.gz -f phased -P1 -P2 -P3 -O  --popsFile pop.txt  -w 100000 -m 50 -s 20000  -T 6  -o abba_baba.csv

Tajima’D(single)

1
vcftools --vcf test.vcf  --TajimaD 100000  --out td