annovar 对 vcf 文件注释

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#gff文件格式转换（文件第一行需要保留 ##gff-version 3）
./gff3ToGenePred fish.gff fish_refGene.txt

# 生成转录组信息文件
perl retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile fish.fa fish_refGene.txt -outfile fish_refGeneMrna.fa
fish_refGene.txt 和 fish_refGeneMrna.fa 这2个文件需要放在同一个目录下，如（fish）

#vcf文件格式转换
perl convert2annovar.pl -format vcf4old test.vcf -out test.input

#开始注释
perl annotate_variation.pl -geneanno -dbtype refGene -out result --buildver fish ./test.input  fish/