项目地址：https://github.com/venyao/shinyCircos
用perl写的circos的学习成本太高了，想看看两个基因组之间的差异（装个逼）怎么还得学习一周？现在我们用shinyCircos解决这个烦恼。
安装
shinyCircos是个用shiny部署的R应用，所以使用RStudio安装就好了。
首先先把这些包安装：
1 | install.packages("shiny") |
然后进入项目主页，把整个项目下载下来放在自己硬盘的某个文件夹下并解压（解压后文件名为：shinyCircos-master）。
回到RStudio，并输入下面的命令，则会自动打开shinyCircos的程序网页。
1 | library(shiny) |
使用
文件类型
主页给出了所有文件的示例文件，下载下来对比自己的文件就可以知道需要做出什么改变。
主文件
主文件包含3列：chr start end
如果是单基因组chr列按照普通染色体命名即可，如果要做多基因组之间的关系，染色体命名要区分开。
tracks
tracks文件可以有任意多个，包含有散点图，条形图，折线图，热图等等。
散点图、折线图、条形图包含4列：chr start end value1
热图包含：chr start end value1 value2 value3 …… valuen
links data
link data旨在描述染色体位点之间的关系。
数据包含6列或者7列：chr start end chr start end （color）
导入数据
点击页面的 data upload，在Upload chromosome data下选择本地的染色体文件上传。然后，在Upload data for inner tracks下选择本地的track文件上传，点击后可以选择图的类型（散点，条形等）。最后在Upload data to create links下选择本地的连锁文件上传。点击左下角的Go！即可展示、检查全部上传的文件。
画图
点击页面的 Circos viasualization进入画图界面。在Plot options下勾选你所上传的所有文件的名字。选择后会有各种细微的操作调整图画。最后点击左下角的Go！即可展示所做circos图，同时支持PDF,SVG和作图所用R脚本的下载。
具体实践需要理解各种文件的内容和所做出来的图的外观，相信你在不断的操作中会摸索到其中的方法的。毕竟一个可视化的界面比一个脚本界面舒服的多。