bcftools

bgzip view.vcf  #bgzip压缩
bcftools view file.vcf -Oz -o file.vcf.gz #bgzip压缩

bcftools index view.vcf.gz  #建立索引

1 2	bcftools view view.vcf.gz -s NA00001,NA00002 -o subset.vcf #筛选样本 bcftools view view.vcf.gz -s ^NA00001,NA00002 -o subset.vcf # ^去除样本

1	bcftools sort view.vcf.gz -o sort.view.vcf #排序vcf

bcftools reheader -s trans.file sample.vcf -o new.sample.vcf  #更改vcf文件中样本名

cat trans.file
    NA00001 NA1
    NA00002 NA2
    NA00003 NA3

1	bcftools concat chr1.vcf.gz chr2.vcf.gz -o concat.vcf #合并vcf文件

1	bcftools merge merge.a.vcf.gz merge.b.vcf.gz -o merge.vcf #合并vcf文件（单样本多vcf文件）

1 2	bcftools stats view.vcf > view.stats #统计vcf文件 bcftools filter view.vcf.gz --regions chr16:17052042-17594883 > filter.vcf #选择固定区域SNP

vcftools

1	vcftools --vcf myvcf.vcf --plink --out myplink #vcf2ped

1 2	vcftools --vcf myvcf.vcf --keep keep.txt --recode --out keep_sub #vcf样本选择 vcftools --vcf myvcf.vcf --remove remove.txt --recode --out remove_sub #vcf样本删除

1	vcftools --vcf final.vcf --min-alleles 2.0 --max-alleles 2.0 --max-missing 0.95 --non-ref-af 0.05 --max-non-ref-af 0.95 --recode -c >filter.vcf #vcf过滤

1	vcftools --vcf filter.vcf --thin 1000 --recode -c >thin.vcf #按snp间隔过滤vcf

1	vcftools --gzvcf file.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --out specific_position.vcf #选择指定SNP

plink

1	plink --vcf myvcf.vcf --recode --out myplink #vcf2ped

1	plink --vcf myvcf.vcf --freq --out frquency #maf统计

1	plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME #ped2bed

1	plink --bfile FILENAME --recode --out FILENAME --noweb #bed2ped

1	plink --tfile FILENAME --recode --out FILENAME #tped2bed

1	plink --bfile FILENAME --recode transpose --out FILENAME --noweb #bed2tped

1	plink --bfile FILENAME --recode vcf-iid --out FILENAME #bed2vcf

1 2	plink --bfile FILENAME --indep-pairwise 50 5 0.5 #LD-pruning plink --bfile FILENAME --extract plink.prune.in --make-bed --out data_pruned

1	plink -file FILENAME --recodeHV --out recode #haploview

GATK

gatk-4.1.2.0/gatk --java-options "-Xmx10g"  HaplotypeCaller  -R Chr01.fa  --emit-ref-confidence GVCF  -I D1906306A.Chr01.realign.bam -O D1906306A.Chr01.realign.g.vcf

gatk-4.1.2.0/gatk --java-options "-Xmx10g" CombineGVCFs  -R Chr01.fa -V D1905327A.Chr01.realign.g.vcf -V D1905328A.Chr01.realign.g.vcf -O all.raw.snps.indels.g.vcf

gatk-4.1.2.0/gatk --java-options "-Xmx10g" GenotypeGVCFs  -R Chr01.fa -V  all.raw.snps.indels.g.vcf -O Chr01.raw.snps.indels.vcf

gatk-4.1.2.0/gatk --java-options "-Xmx10g"  SelectVariants --select-type-to-include SNP  -R Chr01.fa -V Chr01.raw.snps.indels.vcf -O Chr01.snp.vcf

gatk-4.1.2.0/gatk --java-options "-Xmx10g" VariantFiltration  -R Chr01.fa --filter-expression "QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0 || SOR > 3.0 || MQRankSum < -12.5 || ReadPosRankSum < -8.0"  --filter-name  LowQualFilter --missing-values-evaluate-as-failing  --variant Chr01.snp.vcf -O Chr01.filtered.vcf